Nel convertire un progetto .NET 1.x alla versione 2.0 o superiore, ci si imbatte quasi sempre in questo criptico errore. "It is an error to use a section registered as allowDefinition='MachineToApplication' beyond application level This error can be caused by a virtual directory not being configured as an application in IIS." Il problema è che la conversione crea una cartella Backup con all'interno un file web.config che va in conflitto con quello presente nella cartella principale.
Cancellando la cartella Backup il problema viene risolto.